剛果紅（Congo Red,簡稱CR）是一種燃料，他可與像纖維素這樣的多糖物質形成紅色復合物，但并不和纖維素水解后的產物如纖維二糖或葡萄糖發生這種顯色反應，當我們在含有纖維素的培養基中加入剛果紅時，剛果紅能與培養基中的纖維素形成紅色復合物。當纖維素被纖維素分解菌分泌的纖維素酶分解后，剛果紅-纖維素的復合物就將無法形成，從而在培養基中形成以纖維素分解菌為中心的透明圈，這樣我們就可以通過是否產生透明圈來篩選纖維素分解菌。
常用的剛果紅染色法有兩種
方法一:
先培養微生物，再加入剛果紅進行顏色反應
在長出菌落的培養基上，覆蓋質量濃度為1 mg/mI。的CR溶液，10～15 min后，倒去CR溶液，加入物質的量濃度為l mol/l的NaCI溶液，15 min后倒掉NaCl溶液，此時，產生纖維素酶的菌落周圍將會出現透明圈。
（加NaCl的原因：剛果紅是結合到培養基的多糖底物，但分解纖維素的細菌可以產纖維素酶，能分解這個多糖底物成為寡糖，這樣剛果紅就不能結合上去了，氯化鈉就可以使結合不牢的剛果紅洗去，這樣就留下大小不一的透明圈，大的透明圈分解纖維素的能力就強）
方法二:
在倒平板時就加入剛果紅
配制質量濃度為10 mg/mI的CR溶液，滅菌后，按照每200 mI。培養基加入1 mI。的比例加入CR溶液，混勻后倒平板。等培養基上長出茵落后，產生纖維素酶的菌落周圍將會出現明顯的透明圈
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